东华三院开办了58个教育服务单位，包括东华学院、18所中学、14所小学、18所幼稚园、3所特殊学校、2间教育心理服务中心、1间才艺教育中心、1所音乐学院及1间为幼儿而设的游戏学习中心。教育科负责策划、发展及管理东华的教育服务，并促进东华属校之间的沟通及经验交流。
本院设有学生辅导部，由教育及临床心理学家为学校提供直接服务，以及咨询和支援服务。直接服务是为有特殊教育需要的学生提供评估、跟进及转介服务；咨询和支援服务包括协助学校制订校本支援政策、计划及措施，以及举办培训活动。因应社会对学生支援服务的需要，本院于2010年9月成立「教育心理服务中心」，为学校及社区提供教育心理服务。