东华三院辖下共有5间医院，设有病床2,636张。五间医院分别为港岛区的东华医院、东华东院及东华三院冯尧敬医院，以及九龙区的广华医院和东华三院黄大仙医院。医务科负责统筹及协调东华三院董事局及医院管理局之间有关管理及发展五间医院的一切事宜，并于需要时作出支援，以确保5间医院能有效及独立运行。
该科并负责策划、发展及管理东华三院的中西医疗卫生服务共42个单位，包括分别位于广华医院（与香港中文大学合作）、东华医院（与香港大学合作）、东华三院黄大仙医院（与香港浸会大学合作）、东华东院（与香港理工大学合作）及东区尤德夫人那打素医院（与香港大学合作）的中医药科研中心、中西医药结合治疗中心/服务、中西医健康结合管理中心（上医馆）、中医流动诊所、中医社区诊所、中医外展服务、中药检验中心、中央煎药中心、中医普通科门诊部、妇女健康普查部、综合诊断及医疗中心、计算机扫描中心、内视镜中心、血液透析中心、复康中心、牙科诊所及长者外牙科外展服务。
医务科主要负责:
- 理顺及联系工作;
- 工作项目及拨款管理;
- 行政及监管工作;
- 宣传及对外联系工作;及
- 筹备与伙伴机构合办的医学研讨会。