内科病人在诊症后，可按主诊医师开出的处方，自行到市面上的药材店购买所需药材服用。同时，中医普通科门诊部提醒病人，应到持有有效「中药材零售商」牌照的药材店配发中药。这些持牌中药店的运行均受到《中医药条例》所规管。

东华三院属下的四间中医药临床研究及服务中心均设有现代化的中药房，亦为持当天处方的中医普通科门诊病人提供收费的中药配剂及煎药服务。中药房设有三种不同的中药饮片形式，包括须要煎煮的中草药、免煎煮的颗粒冲剂及药粉冲剂可供病人选择。