大堂
文物馆大堂洋溢着浓厚的礼仪气氛，极像中国南方乡村的祠堂或祖先堂；中央设有中国医药始祖神农氏的神位。神农氏是传统公认的中医药发明者，古语亦有谓「神农尝百草」；东华供奉神农氏的传统，是表征东华以医疗服务起家，并坚守赠医施药的传统，肩负救病拯危的重任。神位前的香案、酸枝桌椅等都是从1911年开始沿用至今。此外，大堂内外挂有不少外界送赠东华的牌匾和对联，从内容可以略知东华三院过往的功绩。
专题展览厅
「善与人同：东华三院的慈善精神」展览
东华三院是香港历史最悠久、规模最庞大、服务最多元化的慈善机构。起源自东华医院的东华三院，从一个民间慈善组织持续发展成爲现代化社会服务机构，见证香港社会发展历程，肩负协助海外华人与家乡保持联系的独特功能。在不同的服务范畴，东华展示既坚持原则又灵活多变的以人爲本精神。正是这一份独特的慈善精神，带领东华迎向每一个时代的挑战。常设展览「善与人同：东华三院的慈善精神」展示东华如何在百多年来与香港同步成长，介绍东华自1870年创院至今，在医疗、教育、社会服务以及筹募活动方面的发展。
展厅（一）「善与人同：东华三院的慈善精神」展览
展览厅（二）
东华三院所保存的历史资料相当丰富，有说是民间组织之中拥有最为完整的文献纪录。不少学者认为，研究东华的历史档案和文物可以帮助他们重塑香港，特别是香港早期华人社会的历史。辛亥堂展览室展示历年来文物馆建筑及东华历史档案的保育工作，并重点介绍东华三院独家保存的义庄文献。
展厅（二）